Estos son algunos comandos de mencoder que uso para transformar formatos de video, escalar, recortar una porción del video, etc.Transformar video ogg con sonido a avi mpg4 con sonido y escalarlo a 320×240:

$ mencoder out.ogg -oac mp3lame -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4 -vf scale=320:240 -o avi_mpeg4_320x240_con_sonido_mp3lame.avi

Tranformar video ogg con sonido a avi mpg4 con sonido manteniendo el mismo tamaño del video:

$ mencoder out.ogg -oac mp3lame -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4 -o avi_mpeg4_con_sonido_mp3lame.avi

Extraer una porcion de un video:con este comando extraigo una porcion del video desde el segundo 10 con una duracion de 15 segundos:

$ mencoder video.avi -ss 10 -endpos 15 -ovc copy -oac copy -o video_cortado.avi

Algo que hago habitualmente es capturar video de la pantalla con el gtk-recordmydesktop, los archivos resultantes son en formato ogg con la resolucion original de la pantalla, en mi caso 1440×900. Para escalar este video de manera facil sin tener que escribir en la consola tengo un archivo sh en mi Carpeta con las siguientes lineas:

#!/bin/sh
cd /home/micarpeta
mencoder out.ogg -oac mp3lame -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4 -vf scale=320:200 -o avi_mpeg4_300x200_con_sonido_mp3lame.avi

Ejecutando este archivo se crea en micarpeta un video avi mpg4 escalado a 320×200 a partir del original out.ogg

En cualquiera de estos ejemplo usando "-ofps Numero" se le puede indicar a cuantos cuadros por segundo debe crear el video.

Fuente: HacheMuda